Środki Funduszu przeznacza się na:
- realizację działań wyrównujących różnice między regionami,
- realizację programów wspieranych ze środków pomocowych Unii Europejskiej na rzecz osób niepełnosprawnych,
- dofinansowanie zadań wynikających z programów rządowych,
- inne zadania m.in.: programy zatwierdzone przez Radę Nadzorczą Funduszu oraz finansowanie w części lub całości badań, ekspertyz i analiz dotyczących rehabilitacji zawodowej i społecznej.
Obecnie PFRON realizuje następujące programy:
- JUNIOR – program aktywizacji zawodowej absolwentów niepełnosprawnych;
- KOMPUTER DLA HOMERA – program pomocy w zakupie sprzętu elektronicznego oraz oprogramowania umożliwiającego rehabilitację zawodową i społeczną osób niewidomych i niedowidzących;
- OSOBY NIEPEŁNOSPRAWNE W SŁUŻBIE PUBLICZNEJ – wraz z POROZUMIENIEM Z KG POLICJI (zatrudnienie osób niepełnosprawnych w Policji);
- PARTNER – wspieranie zadań realizowanych przez organizacje działające na rzecz osób niepełnosprawnych;
- PEGAZ 2003 - wraz z nowym modułem, wprowadzonym 25 września 2003 roku (pomoc w aktywizowaniu osób niepełnosprawnych poprzez likwidację barier transportowych i w komunikowaniu się);
- PROMOCJA INTEGRACJI OSÓB NIEPEŁNOSPRAWNYCH – (podnoszenie świadomości społecznej, walka z dyskryminacją);
- STUDENT – pomoc osobom niepełnosprawnym w zdobyciu wykształcenia na poziomie wyższym;
- TELEPRACA – pilotażowy program celowy wspierania zatrudnienia osób niepełnosprawnych w poszukiwanych innowacyjnych zawodach wykorzystujących techniki informatyczne;
- OŚRODKI INFORMACJI DLA OSÓB NIEPEŁNOSPRAWNYCH – tworzenie Ośrodków informacji o możliwościach uzyskania środków z PFRON-u;
- PROGRAM OGRANICZENIA SKUTKÓW NIEPEŁNOSPRAWNOŚCI – program aktywnej rehabilitacji beneficjentów (pacjentów) pomocy m.in. w zakresie bezpiecznego poruszania się przy pomocy urządzeń pomocniczych;
- EDUKACJA – program pomocy w dostępie do nauki dzieci i młodzieży niepełnosprawnej;
- PROGRAM WSPARCIA INICJATYW NA RZECZ ŚRODOWISKA OSÓB NIEPEŁNOSPRAWNYCH – promowanie działań na rzecz środowiska osób niepełnosprawnych m.in. nagradzanie, promowanie dokonań artystycznych i sportowych osób niepełnosprawnych.